L'islamophobie : il y a toujours eu, et il y a encore, un préjugé contre l'Islam répandu chez les peuples de civilisation occidentale et chrétienne. Pour d'aucuns, le musulman est l'ennemi naturel et irréconciliable du chrétien et de l'Européen, l’islamisme est la négation de la civilisation, et la barbarie, la mauvaise foi et la cruauté sont tout ce qu’on peut attendre de mieux des mahométans. »
Convaincu de l'œuvre civilisatrice de la France en Afrique occidentale, il écrit à la page 128 :
« L'influence et l'action européenne constitueront véritablement la cause déterminante du développement matériel, moral et intellectuel des races inférieurs dont nous avons assumés l'éducation et l'accession à la civilisation. »
Il affirme également que les valeurs morales de l'islam sont incontestables et que celui-ci sera « un des moyens favorables qui pourront améliorer les conditions d'existence des populations de ces régions ». La France devant tirer parti « des éléments islamisés de l'Afrique occidentale » (p. 128-129).
L'islamophobie, à savoir la peur irrationnelle de l'islam d'une partie de la population française hexagonale qui ignorait tout de la vie et des cultures des populations vivant dans les colonies, est donc, pour Alain Quellien, un frein pour la France coloniale. Elle empêche celle-ci d'agir en concentrant l'attention sur des aspects incompris, peu analysés et/ou fantasmés de la religion musulmane (la guerre sainte, l'esclavage et notamment des « blancs », la polygamie, le fatalisme, le manque de fanatisme et la tolérance de l'islam soudanais). Il écrit, par exemple, dans le chapitre sur les reproches adressés à l'islam, page 138 :
« La guerre sainte. Ce qui fortifie singulièrement le sentiment d'hostilité et de prévention à l'égard de l'islam, c'est que, dans ces dernières années, les européens ont eu très souvent des peuples islamisés qui les ont obligés à des luttes longues, pénibles et coûteuses. L'erreur vient du fait que l'on reporte la cause de ces guerres uniquement à l'islam. »
