Réponse :
1. The Natives have built a wall made of tree-trunks. (Present Perfect Simple) Parce que ce mur a déjà été fait, mais dans ce cas là, on pourrais également dire "are building", où on pourrait le justifier que les Native construisent ce mur en ce moment là.
2. The Puritans are leaving their homeland for good. (Present Perfect) On peut également dire "have left" ici donc je ne suis pas 100% sûre
3. The Indian chief is waiting for the white men since he made their ship out on the horizon.(Present Perfect) Car il a vu leurs bateaux auparavant, et donc attend maintenant qu'ils arrivent. Cette action est donc la conséquence de l'action précédente.
4. The Indian tribes have been afraid of being invaded since they saw the first white adventurers. (Present Perfect Simple) C'est une action inscrite dans le temps, à cause d'une première rencontre avec les hommes blancs, ils sont donc maintenant méfiants. Une action précédente qui affecte leurs présent.
5. The Indian workers have already surrounded one fourth of their territory. (Present Perfect Simple) Car c'est une action débuté avant, et qui montre la conséquence de leurs action : 1/4 de leur territoire est déjà entouré.
6. Some settlers have found 10 colonies so far. (Present Perfect Simple) Car cette action est inscrite dans le passé, avec "so far", qui démontre que l'action continue dans le présent, et continuera dans le future.
Explications :
Le present perfect simple est un temps du passé mais qui concerne également des actions qui ont un lien avec le moment présent. Ainsi, ce sont des évènement qui ont débuté dans le passé, mais qui ont un lien avec notre présent. On peux aussi l'employer dans le présent pour faire un bilan du passé de façon neutre. C'est aussi une action qui a duré.
Le present perfect de 'be+ing', lui, est employé pour faire un bilan dans le présent d'un résultat d'un événement passé avec une nuance appréciative. On insiste également sur le déroulement de l'action, sur l'activité qui a été nécessaire pour en arriver là.
==> Voilà, j'espère ça a pu t'aider! Sinon je te conseille de regarder des vidéos youtube de personnes qui expliquent plus en détails (et surement plus clairement aussi ;) )